Model ini kemudian dipadukan ke dalam sistem pendidikan pondok pesantren. Pelajaran agama, seperti yang diajarkan di beberapa pesantren pada umumnya, diberikan di kelas-kelas. Tetapi pada saat yang sama para santri tinggal di dalam asrama dengan mempertahankan suasana dan jiwa kehidupan pesantren. Proses pendidikan berlangsung selama 24 jam, sehingga “segala yang dilihat, didengar,  dan diperhatikan santri di Pondok ini adalah untuk pendidikan.” Pelajaran agama dan umum diberikan secara seimbang dalam jangka 6 tahun.